Ovládání programu
minimalizovaná paleta
maximalizovaná paleta
paleta v režimu
expanded
Nastavení funkcí programu se provádí pomocí řady palet, které sdružují jednotlivé skupiny ovládacích prvků. Z těchto palet mají zásadní význam Info paleta (zobrazení/nastavení parametrů montáže jako okraje, mezery, velikosti apod.) a paleta Vzhled montáže (definující vzhled tabulky pozic a určující základní chování přiřazení stran na pozice apod.). Tyto 2 palety jsou k dispozici stále a nelze je skrýt.
Další poněkud odlišnou paletou jsou Předvolené montáže, umožňující rychlou volbu typických montáží. Paleta Kontrola je pouze informační (nemění vlastnosti montáže) a zobrazuje informace a případně chyby montáže. Paleta Strany k montáži umožňuje manipulaci se stranami před jejich vyřazením na arch. Více montáží jsou záložky pod pracovní plochou umožňující pracovat s několika montážemi najednou.
Všechny ostatní palety (Velikost archu, Křížky a značky, Opakování stran, Změnit velikost stran, Korekce tloušťky papíru, Skupiny archů, Jednotná zadní strana, Přiřazení stran na archy) mají obdobný charakter: jako první je uveden ovládací prvek, který aktivuje funkci palety. Pokud je tento ovládací prvek zapnutý, znamená to, že funkce palety jsou aktivní a paletu nelze skrýt – při zavření palety se zapnutým ovládacím prvkem (po potvrzení následného dialogu) je tento prvek (spolu se všemi funkcemi palety) deaktivován. Máme tedy jistotu, že vše, co ovlivňuje montáž, je na monitoru zobrazeno. Zároveň pokud některé funkce nebudeme používat a paletu s nimi zavřeme, máme jistotu, že jsme nepřehlédli nějaké omylem aktivní nastavení. Většina palet lze minimalizovat (je zobrazen jen titul a první ovládací prvek) a maximalizovat (jsou zobrazeny všechny prvky), některé palety mají i režim expanded, ve kterém jsou další ovládací prvky potřebné jen ve speciálních případech. Obecně je vhodné zavřít vše (příp. vypnout extended), co v danou chvíli nepotřebujeme – zpřehlední se vzhled programu a zabráníme zbytečným chybám z přehlédnutí. Nejrůznějších nastavení je totiž mnoho a kontrola všech je zdlouhavá a nepřehledná. Například paleta Detaily křížků je při aktivaci všech funkcí na orientaci dosti náročná, proto jsou všechna neaktivní nastavení automaticky důsledně skryta. V případě, že nějakou paletu zavřeme a poté se dostaneme do stavu, kdy je funkce palety aktivní (buď krokem zpět, přepnutím do jiné montáže nebo otevřením některé dříve uložené montáže), bude paleta znovu zobrazena v souladu s principem, že vše, co má na montáž vliv, musí být zobrazeno.
Tento princip narušuje pouze paleta Strany k montáži, tu lze zavřít i v případě, že se stranami bylo nějakým způsobem manipulováno. Tato paleta je poněkud odlišná od ostatních – je zaměřena na přípravu stran před montáží. Většinu jejích funkcí lze nahradit přípravou zdrojového pdf v acrobatu (nebo ještě dříve při generování zdrojového pdf). V řadě případů však použití funkcí této palety práci urychlí a zjednodušší, avšak zároveň nelze jednoduše aktivní funkce této palety zobrazit – mohu být použity různé funkce (měřítko, opakování, rotace, ...) na různých stranách a mohlo být změněno i pořadí stran. Použití některých funkcí palety je možno vidět souhrnně na paletě Kontrola, kde se zobrazují kromě informací a chyb i upozornění na některá ne zcela běžná nastavení a změny.
Pokud některý ovládací prvek nezobrazuje hodnotu, znamená to, že buď neexistuje (např. mezera mezi sloupci, pokud je sloupec jen jeden) nebo je různá (např. výška řádků při nestejné velikosti pozic). Zadáním nové hodnoty se nastaví pro všechny aktuální objekty (např. řádky) stejná.